Die Elterninitiative „Regenbogenkindertagesstätten Münster e.V.“ wurde 1988 gegründet. Unter seiner Trägerschaft steht seither die Regenbogen-Kita Wolbeck e.V., seit 1996 ansässig auf einem Bauernhof in Wolbeck.
Im Jahr 2014 kam die Kita auf dem Schiff, die Wersepiraten in Handorf hinzu. Beide Einrichtungen werden gemäß §45 SGB VIII betrieben und von der Stadt Münster und dem Land NRW gefördert.